Son siete las catacumbas con 1 919 criptas, donde se depositan cenizas y restos de personas. Se construyeron para aprovechar los huecos que dejaba la cimentación. Los cimientos tienen una profundidad de 12 metros para soportar los miles de toneladas que pesa la construcción. Las criptas que hoy caracterizan al Templo fueron ideadas para apoyar, con su venta, la edificación. Fueron iniciadas en 1924, pero los trabajos fueron interrumpidos por la inundación de 1926. Luego vino la persecución de Plutarco Elías Calles, por lo que, empezaron a prestar servicio hasta enero de 1930 y ahora son visitadas por turistas y fieles del país y del extranjero.
